20世紀(jì)70年代以后，姚駿恩的科研事業(yè)蒸蒸日上。1973～1975年負(fù)責(zé)指導(dǎo)完成我國第一臺(tái)掃描電子顯微鏡研制；1987～1988年率先在國內(nèi)提出并主持完成掃描隧道顯微鏡的研制和生產(chǎn)；1991～1993年提出并主持完成我國第一臺(tái)超分辨光子掃描隧道顯微鏡，還主持研制了原子力顯微鏡。

豐碩科研成果讓姚駿恩榮獲諸多榮譽(yù)，他榮獲了國家科技進(jìn)步獎(jiǎng)二等獎(jiǎng)及全國科學(xué)大會(huì)獎(jiǎng)等11項(xiàng)國家和省部級(jí)科技獎(jiǎng)。

只爭(zhēng)朝夕于“第四次創(chuàng)業(yè)”，聚焦空間納米測(cè)控技術(shù)

進(jìn)入新世紀(jì)，姚駿恩迎來了科研事業(yè)“第二春”。2001年，他當(dāng)選中國工程院院士。

同年，姚駿恩參與研制生產(chǎn)的Nspm-6800型掃描探針顯微鏡獲得了2001BCEIA金獎(jiǎng)。2003年，他邁進(jìn)北京航空航天大學(xué)，擔(dān)任教授、校學(xué)術(shù)委員會(huì)副主任，航空科學(xué)與技術(shù)國家實(shí)驗(yàn)室（籌）首席科學(xué)家和理學(xué)院物理研究所所長。

姚駿恩說：“這實(shí)現(xiàn)了他54年前報(bào)考航空工程系為祖國航空事業(yè)服務(wù)的愿望?！睂?duì)此，他倍加珍惜。

在北京航空航天大學(xué)期間，姚駿恩只爭(zhēng)朝夕，全力以赴致力于工作之中：開拓學(xué)科方向、培養(yǎng)科研人員。在國家自然科學(xué)基金和科學(xué)技術(shù)部等支持下，他負(fù)責(zé)完成了“納米分辨率活細(xì)胞掃描探針原位實(shí)時(shí)顯微觀測(cè)系統(tǒng)的研究”、“復(fù)雜系統(tǒng)與空間物質(zhì)結(jié)構(gòu)科技創(chuàng)新平臺(tái)”的子平臺(tái)——空間物質(zhì)納米級(jí)就位測(cè)試、“掃描電鏡增配聚焦離子束納米加工系統(tǒng)”、“場(chǎng)發(fā)射槍透射電子顯微鏡”等研制項(xiàng)目，并籌建了“微納測(cè)控與低維物理教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室”等相關(guān)實(shí)驗(yàn)室。

姚駿恩將這次工作機(jī)會(huì)比喻為“第四次創(chuàng)業(yè)”：第一次是在中科院長春光機(jī)所主持設(shè)計(jì)、研制10萬倍大型電子顯微鏡；第二次是在中科院北京科學(xué)儀器廠研制我國第一臺(tái)掃描電鏡；第三次是在中科院北京電子顯微鏡開放實(shí)驗(yàn)室主持完成掃描隧道顯微鏡的研制和生產(chǎn)工作。

姚駿恩說：“這是我的第四次創(chuàng)業(yè)，我希望重振我國電子顯微鏡制造事業(yè)；發(fā)展空間納米測(cè)控技術(shù)，在進(jìn)行太空探測(cè)時(shí)，能用上中國自己研制的超顯微分析儀器，把原子力顯微鏡等超顯微鏡放到空間，在月球、火星表面實(shí)現(xiàn)納米量級(jí)的就位測(cè)量……”